仮想現実の体験型オンラインゲームのサービス終了に伴い、その時間を「ナイザック大墳墓」で静かに過ごそうとしていたプレイヤー・モモンガ。しかし、終了時刻になっても強制ログインされず、彼はゲームの異世界に転移してしまった。その後、モモンガは名前をアインズと改め「ナイザック地下大墳墓」の支配者として守護者の上に君臨した。それとともに彼は、冒険者モモンも名乗り資金獲得と情報収集のために活躍し実績を重ねていった。

「オーバーロードII」は、異世界転移とダークファンタジーを融合したアニメの第2期です。絶望の幕開けとともに、物語は新たな展開を迎えます。第1期では主人公アインズ（モモンガ）が中心でしたが、第2期ではナザリックの階層守護者の一人、コキュートスが前面に出てきます。彼がリザードマンの村を襲うところから、新たな物語が始まります。