ダアクの封印に成功し、再び平和を取り戻した人間界と妖精界。楓たちのもとにもいつもと同じ日常が訪れる。そんな中、シール妖精・ハルノが人間界へやって来た。ワルモ団は人間界を征服するために、ハルノのシール帳を奪って悪用しようとする。

「わがまま☆フェアリー ミルモでポン! ごおるでん」は、かわいい妖精・ミルモと女子中学生・楓たちのドタバタを描いたアニメシリーズの第2弾です。オリジナルのストーリーが中心となり、前作に登場したダアクとの決着がついに描かれます。また、本シリーズでは、なぜか妖精が見える謎の転校生・江口沙織と音楽教師・桐生先生が新たに登場します。これらの新キャラクターとともに、楓たちの新たな冒険が始まります。