世界的な野球選手・茂野吾郎の2世として期待を集める小学6年生の大吾。そんな彼の目の前に、アメリカから帰国したという転校生が現れる。彼の名は佐藤光。何と光の父は、吾郎の盟友で元メジャーリーガーの佐藤寿也だった。そして、少年たちの運命が動き出す！

「メジャーセカンド」第1シリーズは、野球アニメ「メジャー」の世界観を引き継いだ作品です。主人公の茂野大吾は、現役のプロ野球選手であり、かつてメジャーリーグでも活躍した父親・吾郎に憧れています。彼は少年野球チーム「三船ドルフィンズ」で野球を始め、父親のようなプロ野球選手を目指します。この物語は、大吾の成長と挑戦、そして野球への情熱を描いています。