「ポートマフィア」のボス・森鴎外は、今は亡き先代ボスがヨコハマ港湾近くの貧民街に姿を現したという噂を耳にし、十五歳の太宰治に真相究明を命じた。これが初仕事になる太宰が街に調査に出ると、ポートマフィアの敵対勢力「羊」のリーダー・中原中也に襲われる。太宰と同じ十五歳の少年・中也は「アラハバキ」なるものを追っており、太宰にそれについて知っていることを全て吐くよう求める。すると突然、二人は爆発に巻き込まれる。太宰は、爆発の炎の前に何者かがたたずんでいるのを見た。それは死んだはずの先代ボスの姿であった。

「文豪ストレイドッグス(第3シーズン)」は、ヨコハマの街に「魔人」が目覚め、新たな災厄が訪れる物語です。これまで組合（ギルド）編や劇場版で暗躍していた謎の人物フョードル・Dがついに本格登場します。彼の謀略を前に窮地に陥る武装探偵社のメンバーたちは、どう切り抜けるのか、その結末には目が離せません。大人気異能アクションの第3弾として、視聴者の期待を裏切らない展開が待っています。