私立月光館学園に転校してきた主人公・結城 理(ゆうきまこと)はペルソナの力に覚醒し、同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。彼らはそれぞれ目的のため、影時間の真相を追う。

「劇場版「ペルソナ3」 #1 Spring of Birth」は、ペルソナシリーズの劇場版第1章で、異形の怪物に対抗できるのはペルソナ使いだけという世界観を描いています。物語は、1日と1日の狭間に存在する隠された時間「影時間」を舞台に展開します。この時間には街が動きを止め、人々はオブジェへと姿を変えます。主人公の転校生、結城 理はこの影時間で想像を絶する運命と対峙します。彼の運命とは何か、そして彼はどのようにしてそれに立ち向かうのか、その答えを描いた作品です。