山で姉や動物たちと楽しく暮らしていた佐助。ある日、不気味な湖にすむ魔物を倒そうとするが、返りうちにあってしまう…。魔物の正体は妖術（ようじゅつ）つかいの夜叉姫（やしゃひめ）だったのだ。夜叉姫を倒すため、佐助は忍術の先生に弟子入りする。

「少年猿飛佐助」は、少年忍者が悪を倒す活躍を描いたアニメ映画です。主人公は忍者の男の子で、彼と動物たちが力を合わせて大活躍します。彼らの敵は悪い妖術使いの夜叉姫。彼らは様々な忍術を駆使して夜叉姫を倒すために戦います。その戦いの様子は、大人から子供まで誰もがあこがれるほどの勇敢さと知恵を見せてくれます。この作品は、忍者の活躍を通じて、友情や勇気、正義の大切さを伝えています。