魔法が技術として確立された世界で、魔法科高校に通う劣等生で兄の司波達也と優等生の妹・美雪。妹は世界トップクラスの魔法力を持ち、劣等生の兄も技術系分野は優れていて、かつ分解と再生の魔法を得意としており、最強の兄妹であった。ある日、北アメリカ合衆国(USNA)の世界最強の魔法部隊スターズに所属するアンジェリーナ・クドウ・シールズが交換留学生として魔法科高校へやってきた！司波兄妹を未観測の戦略級魔法の使い手ではないかと疑うUSNAからの潜入調査としてアンジェリーナは送り込まれたのだった…！ アンジェリーナの登場によって、司波兄妹の運命もまた大きく動き出す！

「魔法科高校の劣等生 来訪者編」は、魔法が技術として確立された世界を舞台に、最強の兄妹、司波兄妹の日常を描いた作品です。第2期となる本作では、伝説的スクールマギクスの無敵の来訪者として、劇場版で登場していたリーナが本格参戦します。彼女の戦闘と私生活でのギャップが描かれ、兄妹と仲間たちの波乱の日々が続きます。無敵の来訪者との新たな戦いと、日常生活の中でのドラマが織りなす物語に注目です。