「アニメは設定が命」という考えのもと、日々妄想を膨らませるも実際のアニメ制作にはなかなか手を出せない小心者の浅草みどり。高校に入学したらアニメ研に入部したいと思っており、見学していたところで水崎ツバメと出会う。 みどりは、中学時代からの友人でプロデューサー的な役割を担う金森さやかと、美人なカリスマ読モだが将来はアニメーター志望の水崎ツバメとともに、新たに映像研を立ち上げてアニメ制作を行うことになる！ 他の部活なども巻き込みながら、三人が思い描くアニメでの「最強の世界」の実現にむけて奮闘する！

「映像研には手を出すな!」は、最強のアニメを生み出すために奮闘する3人娘の大冒険を描いた作品です。湯浅政明監督の先鋭的な映像表現が、テーマと見事に融合し、TVシリーズとは思えない映像クオリティを実現しています。3人娘のアニメに対する情熱と、予測不能な青春劇が視聴者を引き込みます。