2030年の近未来の日本を舞台とし、地球全域にとあるウイルスが蔓延っていた。そのウィルスに感染すると人は怪物に変貌し、自身の特性に影響を受け、姿が変化するようになる。 そのウィルスの名前は、人によって姿形を大きく変えることから「ジビエ」と呼ばれ、恐れられていた。 そんな危機の真っただ中にある日本に、江戸時代からタイムスリップしてきた、侍の神崎千水と忍者の真田兼六がやってくる。そして、ジビエの治療について研究をしているヨシナガ博士に協力し、共に行動をするようになる。 凶悪なジビエが、そして略奪を繰り返す無法者といった敵にまでも現れながら、過酷な旅が進んでいく・・・。