小型機関車のライアンと働いていたトーマスは、秘密の洞窟で古い海賊船を発見する。海賊船が引き上げられるのを見ていた、失われた宝物を探す船乗りのジョンや、線路を走る帆船のスキフと共に、宝探しの冒険の旅へ出発するトーマスだったが...。

「映画きかんしゃトーマス　探せ!!謎の海賊船と失われた宝物」は、劇場版第8弾となる作品です。主人公のトーマスが仲間たちと一緒に、失われた海賊の宝物を探す冒険の旅に出ます。その旅路でトーマスたちに起こる様々なハプニングに、観る者はハラハラドキドキします。ナレーターはジョン・カビラが務め、彼の語りで物語は一層引き立てられます。子供から大人まで楽しめる、冒険と友情の物語です。