宇宙歴796年、ラインハルト元帥が率いる銀河帝国の大艦隊と交戦した自由惑星同盟の遠征軍は、8つの艦隊のうち3つを失うという大きなダメージを受けていた…。しかし自由惑星同盟側は、残存勢力を集結させて戦闘の継続を決定した。また銀河帝国側も、完全な勝利を求めて応戦し、「アムリッツァ星域会戦」と呼ばれる戦いが始まる！しかし銀河帝国では皇帝が急死したことで、跡目争いが起こり貴族たちの権力闘争がひどくなってしまう…。また自由惑星同盟側も軍事クーデターが起こる…。二国の大きな動きは、ラインハルトとヤンの運命にも大きく関わってきて…？！

「銀河英雄伝説 Die Neue These 星乱」は、銀河帝国と自由惑星同盟という二つの国が舞台です。待望のセカンドシーズンでは、それぞれの国で内乱が勃発し、二国間の戦いと運命が大きく変わっていきます。この動乱が帝国と同盟を揺るがす幕開けとなります。予想外の展開が連続し、人間模様の移り変わりも濃密に描かれることで、視聴者は物語に引き込まれます。