超エリート校・Y学園に入学を許されるのはトップクラスの能力を有する者。学園でもうけられた選出基準「YSP」によって選ばれたのは主人公の寺刃ジンペイ。さらに小間サン太夫と、普通の少年なのになぜか入学できた玉井マタロウ…。ジンペイたちには、学園内で起きる不思議な事件を解明するというミッションが下される。謎に包まれた「YSP基準」や謎のアイテム「YSPウォッチ」の正体も明かされることに。彼らは変身しながら巨大ロボとの熱いバトルを繰り広げる？！力を合わせてY学園に隠された謎を解き、怪事件に挑んでいくのだが…。