金田一一（はじめ）にとってもゆかりのあるオペラ座館が取り壊されることになった。最後の公演へと招待された一、美雪、剣持警部だったが、そこで3度目となる事件に巻きこまれてしまう。ファントムから届いた不気味な予告状…オペラ座館最後の夜が始まる。

「金田一少年の事件簿 オペラ座館・最後の殺人」は、オペラ座館3部作の最後を飾る作品で、人気ミステリーシリーズの待望の復活となるスペシャルアニメ第1弾です。主人公・金田一が3度目に挑むオペラ座館での事件は、過去の事件とは異なる新鮮な内容と、その裏に隠されたドラマが展開します。シリーズを見続けてきた視聴者にとって、ラストシーンは感動的なものとなるでしょう。