太陽系を破壊した生命体・奇居子（ガウナ）との戦いは人型兵器・衛人（もりと）の操縦士である谷風長道や人と奇居子から生み出された融合個体・白羽衣つむぎの活躍によっていったんは勝利を収めた。それから10年後。播種船シドニアの人々は平和な日々を送り、長道やつむぎたちも穏やかに過ごしていた。しかし、奇居子は完全に倒されたわけではなく存在し続ける限りはこの平和は続かないと艦長の小林は予感していた。そして、人類の存亡のため、奇居子との決着をつける最後の戦いが始まり、長道やつむぎもそれぞれの想いを抱えて挑んでいく。

「シドニアの騎士 あいつむぐほし」は、人類の存亡をかけたガウナとの最終決戦を描いた作品で、『シドニアの騎士』シリーズの完結編です。物語はテレビシリーズから10年後、主人公の長道たちが成長した姿を描きます。シリーズ史上最も過酷なガウナとの死闘や、長道を巡る恋愛模様など、見どころが満載です。視聴者は長道たちの運命や恋の行方を見届けることになります。