2年前に起きた「未確認生命体事件」。しかし、再びこの事件とおなじような「人間には到底できない殺人方法」を用いた事件が各地で発生していたのだ、警視庁では、再び起きたこの猟奇的な殺人事件を”未確認生命体「アンノウン」によるもの”だと位置づけ、専属捜査班「SAUL」へ捜査依頼を開始。この捜査班にいた氷川誠は、「アンノウン」に遭遇して対峙するが、適わなかった。そんな時、黄金に輝く戦士・アギトが彼の前に現れ、あっと言う間にアンノウンを消滅させてしまったのだ…。果たして彼は一体なんなのだろうか…!?

「仮面ライダーアギト」は、未知の生命体と戦うヒーローたちを描いた平成ライダーシリーズ第2弾です。本作では、3人の仮面ライダーが主役級として扱われ、それぞれのヒーローたちが持つ物語が展開します。また、さまざまな謎が絡み合うストーリー展開により、視聴者は一気に物語に引き込まれます。これらの要素が組み合わさった本作は、新たな試みを行った作品として注目を集めました。