銀河帝国の幼い皇帝エルウィン・ヨーゼフ二世が、門閥貴族派の残党とシューマッハの手で誘拐されてしまう。彼らは自由惑星同盟へ亡命し、銀河帝国正統政府樹立を宣言する。一方ラインハルトは皇帝救出を大義名分に、自由惑星同盟への侵攻を宣言する。

「銀河英雄伝説 Die Neue These 策謀 第二章」は、銀河帝国の幼い皇帝が誘拐され、その結果として巻き起こる策謀が描かれています。物語は、会話の応酬が心地よく、一時的な平穏な日常を描きつつ、第三章へと続く激戦に向けて静かに、しかし激流のような速さで進行していきます。この展開により、視聴者の期待感は高まります。