ピカチュウ、ポッチャマ、ナエトルたちが川遊びにやってきた。ニャースやソーナンスたちも同じ川へ遊びに来たが、なんと川の水が無くなってしまっていた！ピカチュウとニャースたちは水が無くなった原因を突き止めるため、川の上流を目指すのだが…？

「ピカチュウたんけんクラブ」は、ピカチュウたちが川遊びのために力を合わせて探検する物語です。川から水がなくなってしまった原因を探すため、普段は敵対することが多いピカチュウたちとニャースたちが、はぐれながらも協力する展開が描かれています。この協力する姿は必見です。楽しい川遊びのために、彼らがどのように困難を乗り越えていくのか、その過程が描かれています。