世界各国が水面下で熾烈な情報戦を繰り広げていた時代。

世界各国が水面下で熾烈な情報戦を繰り広げていた時代。
西国ウェスタリスの情報局対東課〈WISEワイズ〉の敏腕諜報員エージェントの〈黄昏たそがれ〉ことロイド・フォージャーがいつものように任務に当たっていたところ、進行中のオペレーション〈梟ストリクス〉の担当を変更する、という指令が。
しかし新たな担当に選ばれたのは、無能な男だった――。

その頃イーデン校では、優勝者に〈星ステラ〉が授与されると噂の調理実習が実施されることに。少しでもオペレーション〈梟ストリクス〉の進展を示し〈WISEワイズ〉へ任務継続を交渉する為、ひいては世界平和を守る為、ロイドは審査員長を務める校長の好物である“フリジス地方”の伝統菓子≪メレメレ≫を作ることをアーニャに提案。本場の味を確かめるため、フォージャー家は家族旅行でフリジスへ向かうことに。その一方でヨルは、出発前にロイドと謎の女のやりとりの一部始終を目撃してしまい、仮初めの関係に一抹の不安を覚えながらの家族旅行となってしまう……。

そんな家族旅行の途中、列車内でアーニャは怪しげなトランクケースを発見。その中にはなぜかチョコレートが……。不思議に思っていると、トランクケースの持ち主が戻って来てしまい、驚いた拍子にアーニャは誤ってそのチョコレートを飲み込んでしまう……。ところが、そのチョコレートには世界平和を揺るがす重大な秘密が隠されていた――！？

そしてたたみかけるように、旅先で起こるハプニングの連続！！
世界の命運は、またしてもこの仮初めの家族に託されてしまった――。

監督タカシ・カタギリ氏、原作遠藤達哉氏、アニメ版スパイファミリーの劇場版作品で、原作漫画には含まれないオリジナルストーリー。主にアーニャが巻き込まれ大活躍する展開で、アニメ版と展開や流れは同じだが、劇場版独自のストーリーで原作漫画ファンにとっても楽しめる内容。