自由気ままなフリースタイル・レースで、最強を目指して走り続けてきたウマ娘の少女、ポッケことジャングルポケット。気まぐれに観戦した＜トゥインクル・シリーズ＞のレースで、フジキセキの走りに衝撃を受けたポッケは、自らも＜トゥインクル・シリーズ＞に挑むことを決意する。ウマ娘たちの集う『トレセン学園』に入ったポッケは、フジキセキを育てたタナベトレーナーのもと、一生に一度しか挑戦を許されない『クラシック三冠レース』に挑む。そこに待ち受けていたのは、ポッケをもしのぐ実力をもつ同世代のライバルたちだった。ひたむきな思いを胸に実直に努力を続ける、ダンツフレーム。
自分にしか見えない『お友だち』を追いかけて走る、マンハッタンカフェ。そして、ウマ娘の可能性のその先を求めるマッドサイエンティスト、アグネスタキオン――自らの誇りと、意地と、魂をかけて走るウマ娘たち。熱く激しいその戦いが、新たな時代の扉を開く。「誰が相手でも関係ねえ！俺は最強のウマ娘になってみせるぜ！！」