「ノワール」は、過去を失った主人公・夕叢霧香と、ヨーロッパの暗黒街で「裏の仕事」に生きる仕事人・ミレイユ・ブーケが、とある事件をきっかけにコンビを組み、裏社会の仕事人として活動を始める物語。ユニットの名は「ノワール」。彼女たちはヨーロッパ、中東、アジアでさまざまな「ミッション」をこなし、互いに相棒と認め合うようになる。しかし、謎の組織「ソルダ」の影が二人に忍び寄る。ソルダの正体・目的と、「ノワール」の名が持つ真の意味を巡り、霧香とミレイユの間には真のパートナーとしての絆が芽生えていく。