エリザベスの死から2年後。FBIタスクフォースメンバーは解散し、それぞれ別の道を歩いていた。クーパーはエリザベスの娘アグネスの養父となり、レスラーはデトロイトに帰郷、アラムは友人と起業し、パクはFBIの訓練教官、デンベはFBI捜査官になっていた。潜入捜査中、犯人を逃したデンベは大やけどを負い、相棒が射殺される事件が発生する。「巨悪」レディントンを失った世界で悪の暴走が始まっていたのだ。

「ブラックリスト」は、エリザベスの死後2年、FBIタスクフォースメンバーがそれぞれの道を歩んでいた世界を描く。悪の暴走が始まり、潜入捜査中のデンベは大やけどを負い、相棒が射殺される事件が発生。一方、クリスが立ち上げたWEBサイト《ザ・リスト》は、悪徳政治家や経営者の名をユーザーが投票し、ランキングを決めることで腐敗を防ごうとするものだった。しかし、リストの1位になった者が次々と拉致、殺害され始め、サイトは犯人に乗っ取られ、閉鎖することも出来ない状況に。追いつめられたクリスが選んだ最後の手段は、自分がリストの1位となり、犯人と対決することだった。