家電量販店で、時給11ドルで働くコンピュータオタクの青年チャック。ある日、旧友のブライスからEメールが送りつけられ、添付ファイルを見て倒れてしまう。実はブライスはCIAのスパイで、国家機密の「インターセクト」の全データを盗み、追っ手に捕まる直前にチャックに送信したのだ。ファイルを見たせいでチャックの脳内にはCIAやNSA（国家安全保障局）の機密情報がダウンロードされ、命を狙われるはめに。CIA捜査官サラとNSA捜査官ケイシーはチャックの護衛と監視をするため、彼の店で同僚として働きはじめる。どこにでもいるようなオタク青年チャックによる、スパイアクションコメディ。