ある日、空から無数の正体不明な寄生生物（パラサイト）が降り注ぎ、人間の脳を乗っ取って体を操り始める。寄生された人間は他の人間を襲い、静かに勢力を拡大していく。

天涯孤独の主人公チョン・スインもパラサイトに襲われるが、脳の完全な支配を免れ、自身の右半身を操るパラサイト「ハイジ」と奇妙な共生関係を結ぶことになる。

人間でもパラサイトでもない存在となったスインは、パラサイトを殲滅しようとする特殊部隊「ザ・グレイ」、そして人間社会の乗っ取りを企むパラサイト組織の両方から追われる身となる。