冷戦後の国際情勢は、ロシアの反乱軍が核ミサイルを奪取し、米国と日本を攻撃するとの脅迫で再び緊迫。この事態に核兵器を搭載した米の原子力潜水艦アラバマが緊急出動した。艦長はたたき上げのラムジー大佐（ジーン・ハックマン）。副艦長は新任のエリート、ハンター少佐（デンゼル・ワシントン）。目的海域に達したアラバマは本国からの指令受信中に魚雷の攻撃を受け、通信が途絶える。指令の確認を優先とする副艦長と即時攻撃を主張する艦長は激しく対立し、艦内は緊張が走る・・・。