野球部の面々が3年に進級し、川藤も教員として戻ってきた新学期。メジャーリーグを目指す赤星たちが新入部員としてやってくるが、その存在が部内に不穏な空気をもたらす。さらに、キャプテンの御子柴が事件に巻き込まれ、野球部に最大のピンチが訪れる。

「ROOKIES-卒業-」は、森田まさのりの同名コミックを原作にした作品で、問題児たちが集まる高校野球部と熱血教師の絆を描いています。興収85.5億円を記録した人気ドラマの劇場版で、ニコガク野球部の卒業までの物語がオリジナルストーリーとして展開されます。教師の川藤と部員たちがそれぞれの思いを交わすラストシーンは、観る者の心を揺さぶります。感動的な物語の中で、彼らの成長と友情、そして挫折と希望が描かれ、観る者を涙へと誘います。