宇宙から飛来した隕石から宇宙超怪獣キングギドラが出現し、日本全国を飛び回り、子供たちをさらって富士山麓に現れたドームに閉じ込めていく。危機を察知した妖精エリアスの姉妹は、インファント島からモスラを呼び寄せ、キングギドラに立ち向かうが…。

「モスラ3 キングギドラ来襲」は、「平成モスラ」シリーズの完結編で、モスラが時空を越えて最強の敵キングギドラと対決します。壮大な設定のもと、モスラは白亜紀へタイムトラベルし、新形態・鎧モスラに変身して強大な怪獣キングギドラに立ち向かいます。さらに、白亜紀型キングギドラも登場し、その強大な力と対峙するモスラの勇姿が描かれています。