リトル家の一員として幸せに暮らすスチュアートだったが、家族は新しく生まれた妹に夢中。寂しい思いをしていたある日、悪い鳥ファルコンに襲われた小鳥のマーカロが空から落ちてくる。スチュアートは傷ついたマーカロを家に連れ帰り、看病してやるが…。

「スチュアート・リトル2」は、人間と共に暮らすネズミのスチュアートが小鳥のマーカロと出会い、新たな冒険を繰り広げる物語です。スチュアートとマーカロの間には恋の予感も漂います。しかし、彼らの前には悪いタカのファルコンが立ちはだかります。スチュアートはファルコンとの対決を通じて、空を飛ぶ活躍を見せます。大ヒットコメディの続編であり、スチュアートの新たな冒険と恋の予感が描かれています。