警視庁本部で警視総監らを人質にとった立てこもり事件が発生した。特命係の神戸尊は、偶然犯人と遭遇したため、同じく特命係で上司の杉下右京に連絡する。二人は捜査の結果、籠城犯は元刑事だと特定するも、なぜか捜査から外されてしまうことに…。その後SITと機動隊員が突入したことで事件は解決したことにされてしまった。しかしこの上層部の不審な動きを怪しんだ特命係は、事の真相を確かめるため独自に捜査を開始して…？！絶妙なコンビネーションで数々の事件を解決してきた特命係の右京と尊は、今回も事件の真相にたどり着けるのか？！

「相棒-劇場版II-　警視庁占拠!特命係の一番長い夜」は、警察幹部人質事件をきっかけに特命係が警察内部の陰謀を暴く物語です。組織のためなら真実を隠すことも“正義”だと主張する小野田官房室長と、そんな“正義”の存在など信じない右京が激突します。本作では、官房室長に衝撃的な出来事が起こります。"正義"とは何かを問いかける本作は、観る者に深い思索を促します。