実業家が所有する島である鳳凰島で、人が馬にけられて死んでしまう事件が起きる。この島には不思議な噂もあったため、特命係の杉下右京と甲斐亨はこの島に調査にやってくる。捜査一課や鑑識もやってくるなかで、右京は捜査を通して、この事件がただの事故ではなく殺人事件であると確信するも、何者かに襲撃されてしまって…？！鳳凰島は、元自衛隊員が集まって訓練を実施するなど不審な点が多くある島だった。防衛省や国家権力を持つ者たちの陰謀が渦巻く中で、特命係の二人は事件の真相にたどり着くことができるのか？！

「相棒-劇場版III-　巨大密室!特命係 絶海の孤島へ」は、特命係と謎の民兵組織との対決を描いた作品です。孤島を舞台に、特命係が国家の巨大陰謀に迫るミステリーとなっています。孤島の過酷な自然の中で、右京が数々の謎に翻弄されながらも難事件を解決に導きます。また、新旧の相棒である及川光博と成宮寛貴の共演も見どころの一つです。