7年前にイギリスで起きた日本領事館の関係者が毒殺される事件。国際犯罪組織「バース」は、その事件の生き残りの少女を誘拐、そして今になって日本政府に身代金を要求してきた！その要求を日本政府が拒否すると、バースは多くの観客が集まる国際スポーツ競技大会の凱旋パレードをテロの標的にしてきて…？！多くの人が命の危険に晒される事態を回避すべく、特命係の杉下右京と冠城亘は必死に捜査し犯人を追い詰める。しかしそこには思いもよらない事件の真相があった…！果たして特命係の二人は、人々の命を守ることはできるのだろうか？！

「相棒-劇場版IV-　首都クライシス　人質は50万人!特命係　最後の決断」は、特命係が無差別テロを企てる謎の国際犯罪組織の秘密に迫るストーリーです。結末は悲しみか、希望か、観る者の心に深く刻まれるでしょう。サスペンスフルな展開とエモーショナルなラストシーンで、『相棒』史上最も壮大で悲痛なクライマックスが描かれます。犯人に厳しくも寄り添う右京の姿が胸を打つ、感動的な作品です。