怪人二十面相は捕らわれて獄中にいたが、今も原子炉の秘密設計図を奪う野望を捨ててはいなかった。そして、ヘリコプターを操って劇的な脱獄を成功させる。その後、二十面相は設計図に狙いを定め、それを阻止しようと明智小五郎と少年探偵団が立ち上がる。

「少年探偵団 鉄塔の怪人」は、カブトムシ型の戦車を操る怪人二十面相により、絶体絶命の危機に陥った少年探偵団の運命を描いています。前作「～かぶと虫の妖奇」の後編となる本作では、彼らの窮地を救うべく明智小五郎が立ち上がります。明智と二十面相の息を呑むような決戦シーンは、観る者の手に汗を握らせる緊張感を醸し出しています。少年探偵団の運命は一体どうなるのか、その結末に注目です。