テキサス州のサンアントニオ記念病院。ナイトシフトの救命医TCは、立てこもり事件をきっかけに過去のトラウマがよみがえり、錯乱状態でオペ室に乱入したことから停職処分を受ける。一方、治療の判断ミスから立てこもり犯を死なせてしまった女性医師ジョーダンはナイトシフトのチーフを一時的に解任され、トファーが代理のチーフになることに。目の奥に腫瘍が見つかった事務長ラゴーサは手術を受け、仕事に復帰してくるが…。そんな中、ジョーダンの親友で救命士のグウェンが頭と首に鉄筋が貫通した夫婦を搬送してくる。ジョーダンたちは新任の外科医チャベスと治療に当たることになる。

「ナイトシフト 真夜中の救命医 シーズン2」は、テキサス州のサンアントニオ記念病院を舞台に、立てこもり事件をきっかけに過去のトラウマが蘇った救命医TCが停職処分を受けるところから始まる。一方、治療ミスで立てこもり犯を死なせてしまった女性医師ジョーダンは一時的にナイトシフトのチーフを解任され、トファーが代理チーフに。目の奥に腫瘍が見つかった事務長ラゴーサは手術を受け、復帰。そんな中、ジョーダンの親友で救命士のグウェンが鉄筋が貫通した夫婦を搬送、ジョーダンたちは新任の外科医チャベスと共に治療に当たる。