3年前、異世界「きさらぎ駅」から奇跡的に生還した宮崎明日香。だが外見は20年前のままで、世間から冷たい視線を浴び孤独に暮らしていた。

そんな彼女の前に、ドキュメンタリー監督の角中瞳が現れる。瞳との出会いを機に、明日香は決意する。かつて自分を救ってくれた堤春奈や、今も異世界に取り残されている人々を助け出すために。

彼女は再び、あの恐怖の駅へと向かうのだが、待ち受ける運命は果たして。