3年前、異世界「きさらぎ駅」から奇跡の生還を果たした宮崎明日香（本田望結）。しかし、彼女の外見は20年前のまま――その異質な存在は、世間の冷たい視線と疑念に晒されることとなった。孤独と絶望に沈む明日香の前に現れたのは、ドキュメンタリーディレクターとして名を馳せる角中瞳（奥菜恵）。この運命的な出会いが、明日香の心に新たな決意を芽生えさせる。かつて命を懸けて救ってくれた堤春奈（恒松祐里）、そして異世界に取り残された者たち――彼らを助けるため、明日香は再び「きさらぎ駅」へと足を踏み入れる。果たして、彼女を待ち受けるのは救済か、それともさらなる絶望か。前作を凌駕する衝撃の展開に、あなたは息を呑む――！