1年前、大好きな母を亡くした少女カンナ。運命に導かれ、ある使命を担うことになったカンナが、毎年全国の神々が集う神話の地、出雲を目指す壮大な旅に出る。

「神在月のこども」は、母を亡くした少女カンナが神の使いであるうさぎと共に、神々が集う神話の地、出雲を目指す物語。カンナは母の形見に触れたことで運命の歯車が動き出し、自身の使命を知る。旅の途中で出会うのは、鬼の子孫である夜叉や大小様々な八百万の神々。神々が姿を消す月、神在月に向かって、自分を信じて駆けるカンナの冒険が描かれている。