1931年のミシガン。父を殺され、一家離散した黒人の少年マルコム・リトルは、異母姉に引き取られるが長じてヤクザ者の仲間入りをし、窃盗で刑務所に送られる。獄中で彼を救ったのは、イスラム教の教団「ネイション・オブ・イスラム」の教えだった。出所したマルコムは教団に入り、「リトル」の名を黒人を示す「X」に改め、教団のスポークスマンとして活躍。だが指導者エライジャの裏切りにあって教団を去り、メッカへ巡礼して「平和」という重要なメッセージに目覚める。自ら教団を設立して新たなスタートを切ったマルコムに、危険が忍び寄っていた…。