大氷原にいた科学者のロンド博士とその息子トオイ。そこへ突然、すさまじい爆音と共に隕石が落下してきた。周囲に立ちこめる水蒸気。その中から幻のポケモン、デオキシスが現れる。さらにデオキシスを追ってレックウザが登場し、激しいバトルが繰りひろげられる。それから４年後…、ラルースシティへやってきたサトシたちは、バトルタワーでのポケモンバトルを通じて、街に住むトオイという少年と出会う。トオイはじょじょにサトシたちに心を開き、ポケモンとも仲良くなろうとする。そんな中、突然デオキシスがラルースシティに現れる。デオキシスの目的は何か？やがて街の機能がストップし、サトシたちは街から出られなくなってしまう。