ガンマ団から青の秘石を盗み、追われる身となったシンタローは逃亡の最中、パプワ島に流れ着く。その島は少年・パプワ以外は人語を話す動物と生物だけという不思議な島だった…。パプワに秘石を没収されたシンタローは、やもなくパプワ島で暮らすことになる。

「南国少年パプワくん」は、奇天烈なパプワ島を舞台に、主人公シンタローの受難な日々を描いたハイテンションギャグコメディです。柴田亜美のデビュー作であり、「月刊少年ガンガン」作品の初アニメ化作品でもあります。人語を話す奇妙な生物たちが暮らすこの島で、笑いあり、涙ありの秘石争奪戦が繰り広げられます。シンタローの面白おかしくも波乱に満ちた生活を通じて、視聴者は様々な感情を味わうことができます。