一獲千金を狙うトレジャーハンターたちが詰め寄せていた島に遊びに来ていたコナンたち。そこで恐ろしい事件が発生する。なんとトレジャーハンターの一人がサメに襲われてしまい出血死してしまう。事故かと思われたが、コナンはダイニングスーツに魚の血が入ったビニール袋を見つけ、サメを呼び寄せるために誰かが仕掛けた罠であることに気付く。調査が進められる中、なんと蘭と園子が誘拐されてしまい…。

「劇場版 名探偵コナン 紺碧の棺(ジョリー・ロジャー)」は、海賊の残した財宝と遺跡の謎を解き明かす物語です。孤島に伝わる伝説に挑むコナンが主人公で、劇場版第11弾となります。トレジャーハンターたちとの対決を描きつつ、新一のガールフレンドである蘭とその友人・園子の友情もメインに描かれています。謎解きと友情、両方の要素が絡み合った作品です。