「機動戦士ガンダム」のプラスチックモデル、通称「ガンプラ」を作成し、製作したガンプラを操作してバトルを行う「ガンプラバトル」が世界的に流行し、世界大会まで行われるほどの盛り上がりを見せていた。模型屋の息子であるセイは、ガンプラの製作については高い能力を持っていたが、操作はからっきしで、出場した大会でも結果を残せずにいた…。しかしある日、ガンプラの操作に卓越した才能を持つ少年レイジと出会い…？！セイとレイジはコンビを組んで世界大会に挑む！多くのライバルたちを倒し、二人はガンプラバトルの頂点に立つことができるのか？！

「ガンダムビルドファイターズ」は、「ガンプラバトル」というテーマを中心に展開する青春ストーリーです。自分で作ったガンプラの強さを競うこの世界では、プラモデルであってもその情熱は本物。その情熱が生み出す激しいバトルは、視聴者をも熱くさせます。ファンの夢を体現した作品として、「もしガンプラでバトルができたら…」という想像を現実に変え、視聴者をガンプラの世界へと引き込みます。