熾烈をきわめたアプティックの戦いで艦を失ったラフィールは、軍から再び突撃艦を与えられ新たな任務につく。それは、犯罪者を集めた流刑の星・ロブナスIIの臨時統治であった。しかし、ジントは犯罪者たちの反乱に巻き込まれ、捕らわれの身となってしまう。

「星界の戦旗II」は、星界シリーズの第3弾で、最新作「星界の戦旗III」へと続く物語です。物語は混沌と化した地上世界、瓦礫と化した都市の片隅で展開します。主人公のジントは死に直面し、彼の身に何が起こったのかが描かれます。彼の運命とは一体何なのか、物語は彼の視点から紐解かれていきます。