遊戯十代がデュアルアカデミア高校の入学試験に向かっていたところ、伝説のデュエリスト・武藤遊戯に出会う。彼から「ハネクリボー」のカードをもらい、その後会場へと到着した。筆記試験の結果が良くなかった十代に、クロノス教授は試験をしても無駄だと言い放つ。クロノス教授との決闘で大きなダメージを受ける十代。追い詰められたその時、モンスターの声を感じる。それはなんと遊戯からもらったカード「ハネクリボー」だった。最高顧問のクロノスを倒すことができた十代だが、落ちこぼれのクラスオシリスレッドに分けられることになり、そこで次々とデュエリストと対戦していく。