如月伸太郎（シンタロー）は天才的な頭脳を持つが、引きこもりになってしまった18歳の青年。シンタローのパソコンには電脳体の少女エネが住み付いていたが、エネはいつも悪戯するばかりで困らせられていた。そんな中でのある日、エネの悪戯から外へ買い物に行かざるを得なくなったシンタローだったが、その中でテロ事件の現場に遭遇する。しかし、その事件によってシンタローはキドが団長を務める「メカクシ団」の団員と関わることになる。そこにはシンタローの妹・桃の姿もあり……？メカクシ団との出会いはシンタローにどのような影響を与えていくのか。