異形の敵「ネウロイ」に対抗するため世界各国が連合軍を組んだ。ただし、連合軍のメンバーになることが出来るのは特殊な魔力を持った少女たちだけだった。主人公の宮藤芳佳はその一人。扶桑皇国から欧州に派遣された。各国から集められたエース達と共にガリア地方のネウロイ撃退に見事に成功し、大切な仲間たちを得た。アニメ1期での統合戦闘航空団（ストライクウィッチーズ）の活躍から半年経ち、平和な日々が続いていた欧州に再びネウロイが現れた。突然のネウロイの脅威におびえる欧州を救うべく、「ストライクウィッチーズ」は再び空へ！

「ストライクウィッチーズ2」は、新たなネウロイの脅威に再集結した美少女たちが活躍する人気バトルアニメシリーズの第2弾です。束の間の平和ムードが一転し、再びネウロイの脅威が人類を脅かします。より磨きのかかった戦闘シーンや、"ミリタリー少女"ならではの際どいアングルが視覚的な魅力を引き立てます。美少女たちの勇敢な戦いと成長を描きつつ、視覚的なスリルと緊張感を提供する作品です。