キリエと人工知能のイリスは共に日本へやって来る。なのはとフェイトの力、そしてそこに八神はやての闇の書が加わると、故郷と父親を救うことが出来るとイリスに教えられたからである。はやてはイリスに、闇の書を渡すように言われるが、それを拒否したはやてはイリスと戦闘になる。イリスの力は強力で、ハヤテはピンチに陥る。しかしそこにキリエを止めに来た姉のアミティアが現れ、ハヤテを助ける。一方、キリエはなのはとフェイトの力を得ようと、二人に戦いを挑んでいた。なんとかキリエを捕えるが、そこでキリエはさらに力を解放し、はやてから闇の書を奪うことに成功する。

「魔法少女リリカルなのは Reflection」は、「なのは」シリーズ初の完全オリジナル劇場版であり、シリーズの第3作目です。本作は前編となり、アニメ初登場のキャラクターが登場します。これまでのシリーズを愛してきたファンを驚かせる新たな展開が描かれています。新旧のキャラクターが絡み合うストーリーは、視聴者を魔法少女の世界へと引き込みます。