飛雄馬や伴の活躍で順調に甲子園の舞台を勝ち進んでいく青雲高校。準決勝では左門豊作、決勝では花形満といったライバルたちと死闘を演じ、惜しくも準優勝という結果に終わった。そして飛雄馬は入団テストを経て、念願の読売巨人軍のユニフォームに袖を通す。

「巨人の星 行け行け飛雄馬」は、高校球児の夢である甲子園を舞台にライバルたちとの激闘を描いた劇場版第2弾です。TVシリーズの甲子園の死闘から主人公・飛雄馬の巨人軍入団までを再編集し、プロ転身後も続く飛雄馬とライバルたちとの数々の名勝負が描かれています。その熱い戦いに胸が熱くなること間違いなしの作品です。