「契約は必ず守る」が信条の運び屋タクヤはある日、ユキという少女を施設から連れ出してほしいという依頼を受けて実行する。じつはユキは、3年前に起きた都市が消滅する現象、通称ロストの唯一の生き残りだった…！その後、タクヤとユキは、消息を絶ったと思われていたユキの父親からの「ユキ ロストで待つ」というメッセージを手掛かりに、消滅都市を目指すこととなる。しかし二人は消滅都市を目指すなかで、衝撃的な事実を知ることに…。人々の複雑な思いや巨大な陰謀に巻き込まれながら困難を乗り越えていくなかで、二人の絆は深まっていく！果たして消滅都市で待ち受ける結末とは？！

「消滅都市」は、大人気アプリゲームを原作としたSFドラマです。物語は、突如として消滅した都市の謎を追うことから始まります。原作ゲームのメインストーリーを踏襲しつつ、オリジナル要素もふんだんに取り入れています。また、一部の原作キャラクターの立ち位置も変更され、先の読めない展開となっています。その先に待つものとは何か、視聴者は主人公たちと共に謎解きの旅を続けます。