中学1年生の桃宮いちごは、同級生の青山君のことが好きで、ある日、念願のデートをすることになった。しかしいちごは青山君とのデートの途中で地震に遭遇し、ある実験に巻き込まれてしまう…。なんとその実験の際に、いちごはイリオモテヤマネコのDNAを入れ込まれてしまい、猫耳としっぽがついたミュウイチゴ変身してしまったのだ…！ミュウイチゴは他の仲間のミュウミュウたちとともに、地球の動物に寄生する「キメラアニマ」との戦いに身を投じていく…！ミュウミュウたちは地球を守ることができるのか。そしていちごと青山君の関係は…？！

「東京ミュウミュウ」は、絶滅の危機にある動物のDNAと融合した5人の少女たちが、地球の未来を守るために戦う物語です。彼女たちは、キュートで可憐な姿に変身し、キメラアニマという敵と戦います。主人公のいちごは、恋愛にも奮闘する一方で、仲間たちと共に地球の危機を救うために立ち向かいます。彼女たちの個性的で可愛らしい姿や、いちごと青山くんとの恋の行方、そしてキメラアニマとの戦いの行方が描かれています。