シェルの犯罪計画に巻き込まれた少女娼婦・バロットと、ネズミの姿だが委任事件担当官で万能兵器のウフコック。かつてウフコックを濫用して殺戮を行った男・ボイルドとの戦いで傷ついた2人は、ドクターに連れられ命の研究を行う施設「楽園」を訪れる。

「マルドゥック・スクランブル 燃焼」は、劇場版3部作の第2弾として描かれる物語です。舞台は、美しさが想像を絶する「楽園」から運命の「カジノ」へと移ります。楽園の美しさには目を見張ること間違いなく、視覚的な魅力が溢れています。一方、カジノでは金と心の駆け引き、心理戦が繰り広げられます。ルーレットゲームの枠を超えた緊張感が観る者を興奮へと導きます。この作品は、美とスリルが交錯する世界を描いています。