大吾は、光と共に「三船ドルフィンズ」に再入団する。そして光の父・寿也の温かい指導により投手として大きく成長してゆく。そして私立風林学園中等部へ進学した大吾は、もちろん野球部に入部するのだが、風林学園の野球部は弱小チームだった。中学2年になると大吾がキャプテンを務めるようになりチームをまとめていく。しかし新入生は先輩を見下していたため、上級生対新入生の試合が行われることになった。試合は上級生が勝ち、新入生は態度を改めるようになった。

「メジャーセカンド」第2シリーズは、野球女子が大活躍する中学生編の物語です。主人公の大吾が所属する風林中野球部は、先輩たちが抜けた後、女子ばかりが残されます。しかし、彼女たちは個性的で、野球への情熱が強いことが魅力的です。どこまでも熱い王道野球物語で、手に汗握る試合展開が見どころとなっています。