小さな田舎町で育った蜜柑と蛍は大の親友。なのに突然蛍が都会の学校へと転校してしまった。蛍を追って蜜柑は「アリス学園」へたどり着く。しかしそこは不思議な力（アリス）を持ち主しか入れない特別な学校だった…。

「学園アリス」は、異能力「アリス」を持つ少年少女たちが通う特殊な学校を舞台にしたファンタジースクールコメディです。主人公の蜜柑は、自身もアリスを持つことからこの学校に入学します。彼女の明るさが周囲の個性豊かな生徒たちを引き寄せ、少しずつみんなが仲良くなっていく様子が描かれています。また、学園生活の中で恋愛のドキドキ感も楽しむことができます。不思議がいっぱいの世界で、アリスたちの能力に憧れ、彼らの成長と友情、恋愛を見守る作品です。